Lébény története elválaszthatatlanul összefonódik a Benedek-rendi apátsági templom történetével. A Győr nemzetségbeli Poth és Chepán ispán építették a monostort és a templomot, melyet aztán végrendeletileg a bencés rendre hagytak. A Szent Jakabnak szentelt templom alapítási éve nem ismert, de okleveles adatokkal igazolható, hogy 1212-ben már állt. A monostort 1242-ben tatárok, 1271-ben Ottokár cseh király katonái dúlták fel, majd a XV. században németek gyújtották fel a kolostort és a templomot. 1529-ben a törökök felgyújtották a templomot, melynek északi tornya ledőlt, a főhajó boltozata leomlott. A bencések ekkor hagyták el a lébényi monostort és Szentmártonba költöztek. A templom és a rendház tulajdonosa 1638-tól a jezsuita rend, ők állítatják helyre az időközben romossá váló épületet. 1683-ban a Bécs ellen vonuló törökök feldúlták és felégették a kolostort, amelyet újra a jezsuiták állítattak helyre. Az 1841-es hatalmas tűzvészben leég a templom sátortetője.

A templom történetének új szakasza 1862-ben kezdődött, amikor August Essenwein, német építész, 1866-tól a nürnbergi Germanisches Museum igazgatója vezetésével hozzákezdtek a templom három évig tartó belső felújításához, majd 1872-79 között a külső restauráláshoz. Essenwein új belső berendezést is tervezett, Klein, bécsi festő pedig üvegablakokat készített és képpel díszítette a főkapu orommezejét (Három királyok imádása, 1879.).

A templom egész évben látogatható, naponta 9 órától-17 óráig.